新能源汽車補貼指購置補貼，由相關部門直接發放給整車企業，而新能源公交車的運營單位可以享受補貼后的優惠價格。按照計劃，這一方面的補貼到2020年底就將正式退出。但實際上，新能源公交車的運營單位還能享受一定的運營補貼。

2015年，多部委聯合印發了《關于完善城市公交車成品油價格補助政策 加快新能源汽車推廣應用的通知》。在《分配結果》中，運營補貼在此次下發的補助中占比達到一半，有超過76%的地區運營補貼超過了購置補貼。

雖然公交車的體量不如乘用車，但推行新能源汽車具有更重要的意義。與乘用車購置稅地方補貼徹底取消不同的是，地方政府仍可繼續對購置新能源公交車給予補貼支持。在補貼下降60%的背景下，中大型公交車基本無法如乘用車般通過配置的調整來優化到手補貼額。地補的存續可以有效緩解車企下半年壓力。

此外，包括中央財政已經安排的2019年及以前年度燃油補貼結余資金，地方可收回統籌用于新能源公交車的運營。管理部門還將共同研究完善新能源公交車運營補貼政策，2020年起，將采取“以獎代補”的方式重點支持新能源公交車運營。