《指導意見》提出我國未來生物質能的三個階段的發展目標：

第一階段是起步發展階段。 到2020年初步建立產業體系，政策體系基本形成。生物天然氣年產量超過20億立方米，年替代縣域及農村散煤約340萬噸，年減排二氧化碳約620萬噸。年處理農作物秸稈超過1000萬噸、畜禽養殖廢棄物超過2500萬噸，其他城鄉有機廢棄物超過500萬噸。

第二階段是快速發展階段。 到2025年，生物天然氣具備一定規模，形成綠色低碳清潔可再生燃氣新興產業。生物天然氣年產量超過150億立方米，年替代縣域及農村散煤約2500萬噸，年減排二氧化碳約4600萬噸。年處理農作物秸稈超過7500萬噸、畜禽養殖廢棄物超過1.8億噸、其他城鄉有機廢棄物超過3000萬噸。

第三階段是穩步發展階段。 到2030年，規模位居世界前列，生物天然氣年產量超過300億立方米，占國內天然氣產量一定比重。年替代縣域及農村散煤超過5000萬噸，年減排二氧化碳超過9300萬噸。年處理農作物秸稈超過1.5億噸、畜禽養殖廢棄物超過3.5億噸、其他城鄉有機廢棄物超過4000萬噸。